После процедуры setup выполняется процедура loop.

void loop() {
  digitalWrite(13, HIGH); // включаем светодиод
  delay(1000);            // ждём 1 секунду
  digitalWrite(13, LOW);  // выключаем светодиод
  delay(1000);            // ждём 1 секунду
}

В отличие от setup, процедура loop постоянно повторяется. То есть, как только последовательно выполнены все команды, которые содержатся в этой процедуре, она запускается снова.

В нашем случае процедура loop содержит 4 команды:

1. digitalWrite(13, HIGH) - включение светодиода;
2. delay(1000) - задержка на 1 секунду - светодиод светится;
3. digitalWrite(13, LOW) - выключение светодиода;
4. delay(1000) - задержка на 1 секунду - светодиод не светится.

После выполнения всех четырёх команд снова выполняется первая команда, за ней вторая и т.д. Так продолжается до тех пор, пока не выключить плату Arduino.