Отрицательное воздействие на развитие науки оказывала жёсткая цензура, идеологический диктат, репрессии против отдельных учёных. В наибольшей степени от этого страдали гуманитарные науки, ограниченные узкими рамками официальной идеологии. Постоянному давлению подвергались историки. Были закрыты архивы. Работы по истории советского периода в основном повторяли положения официальных партийных документов. В 1947 г. по указанию руководства страны была проведена так называемая философская дискуссия, в ходе которой советские философы подверглись резкой критике. На сессии Всесоюзной академии сельскохозяйственных наук в 1948 г. при поддержке И. В. Сталина была разгромлена как научное направление советская генетика. В 1950 г. проводилась дискуссия по вопросам языкознания, центральным событием которой являлась публикация статьи И. В. Сталина «Марксизм и вопросы языкознания». Результатом этой кампании было преследование ряда лингвистов. Тогда же резкой критике подверглись советские физиологи. В 1951—1952 гг. под руководством Сталина проводилась дискуссия по вопросам политэкономии, которая способствовала дальнейшей идеологизации экономической науки. Как лженаука осуждалась в послевоенные годы кибернетика.